Édesapja katonatisztként szolgált I. Ferenc seregében. Hat éves koráig szülei nevelték, oktatták, majd kollégiumba került Annecy-ben, ahol megtanult franciául. Tíz évesen lett elsőáldozó, és röviddel utána megbérmálkozott. Tizenegy éves korában jelentette ki először, hogy pap szeretne leni. Szülei azonban túl korainak tartották döntését. Édesapja jogi pályára szánta, Párizsba küldte a jezsuita Clermont-kollégiumba. Szónoklattant, latint, görögöt, hébert, filozófiát és teológiát tanult. Megszerette az országot, annak ellenére hogy hazája, a Savoyai Hercegség gyakran állt konfliktusban Franciaországgal. Rendkívül vonzotta őt a teológia, különösen apredesztináció és a kegyelem.

1588-ban visszatért Savoyába, majd ősztől Padovában kezdte el jogi tanulmányait édesapja kívánságára. Padovában működött akkoriban Európa egyik leghíresebb egyeteme. Antoine Possevin jezsuita szerzetes lett tanácsadója, szellemi irányítója. Ajánlására kezdte el olvasni Loyolai Szent Ignác Lelkigyakorlatos könyvét. Tanulmányozta Hippói Szent Ágoston, Szent Jeromos, Aranyszájú Szent János ésAquinói Szent Tamás írásait. A világi életet visszautasítva szigorú aszkéta életet kezdett élni, de súlyosan megbetegedett. Azt hitte, hogy hamarosan meghal, és felajánlotta testét tudományos célokra. Meggyógyult, 1592-ben megkapta jogi diplomáját, és visszatért családjához. Édesapja földeket vásárolt neki, és menyasszonyt is választott számára. Szintén édesapja kívánságára jelentkezett ügyvédnek Chambéry bíróságán. I. Károly Emánuel, Savoya hercege fiatal kora ellenére szenátorrá nevezte ki, de Ferenc nem fogadta el a tisztséget.

1593. május 9-én közölte édesapjával, hogy pap szeretne lenni. 1593 júniusábandiakónussá, december 18-án pedig pappá szentelték, és Genf prépostja lett Annecy-ben, mert a kálvinizmus térhódítása után a genfi püspökség székhelye ide került. Ferenc híressé vált prédikációt mondott: „A szeretet erényével kell lerombolni Genf falait, a szeretet erényével kell visszafoglalni a várost.. nem vassal és puskaporral, amelynek szaga és íze a pokol tüzére emlékeztet…”. Egyházi tevékenységét misézéssel és prédikációkkal kezdte, és visszautasított minden adományt. Savoya Chablais tartománya kitartott a kálvinista hitben. A herceg vissza akarta téríteni az uralma alá tartozó területeket a katolikus hitre, Chablais azonban ellenállt. A kálvinisták sorra elűzték a katolikus papokat, s ekkor Ferenc önként jelentkezett missziós munkára. 1594. szeptember 9-én indult unokatestvérével Chablais-ba. Magával vitte a Bibiliát és Bellarmin Szent Róbert Kontroverziáit. Allinges várában szállásolták be magukat. Thonon-les-Bains kálvinista város egyetlen katolikus templomában prédikált, és óvatosságból minden este visszatért a várba. A szigorú tél rendkívül megnehezítette a bejárást. A kálvinistáknak rendelettel tiltották meg, hogy hallgassák prédikációit. Megrágalmazták, életveszélyesen megfenyegették, de Ferenc határozottan visszautasította a katonai kíséretet. Mivel üres templomban prédikált, beszédeit kinyomtatta, és szétosztotta az emberek között. A kommunikációnak ez a formája teljesen ismeretlen volt azokban az időkben. Azután végleg beköltözött a városba, ahol egy idős asszonynál talált szállást. Csupán egy ügyvédet és néhány embert sikerült megtérítenie. Egy év után azt írta a hercegnek, hogy a prédikációk nagyon kevés eredménnyel jártak. 1596-ban Ferenc nyilvánosan is prédikálni kezdett. Antoine de Saint-Michel, Avully földesura 1596. február 19-én visszatért a katolikus hitre. A konverzió hírére vitára hívta Ferencet Antoine de la Faye, a genfi egyetem filozófia professzora. Ferenc Antoine de Saint-Michellel indult Genfbe. A savoyai hercegtől kért támogatást, hogy nyilvánosan is misézhessen. Karácsonykor három misét tartott. 1597 januárjában megérkezett a herceg engedélye, és Thonon-les-Bains-ben újra misézhetett. Titokban találkozott Théodore de Bèze-zel, Kálvin utódjával, akit a reformáció pátriárkájának neveztek. Teológiai kérdésekről tárgyaltak, nevezetesen a tevékenység fontosságáról a keresztény életben.VIII. Kelemen pápa is támogatta Ferenc munkáját, négy papot rendelt mellé. 1597-98-ban Chablais lakosainak nagy része visszatért a katolikus hitre. Thonon-les-Bains-be látogatott Alessandro Ottaviano de’Medici pápai legátus, a későbbi XI. Leó pápa és Károly Emánuel, Savoya hercege. A város Szent Ágoston-templomában rendezett nagyszabású liturgikus ünnepségek után 2300-an tértek vissza a katolikus hitre.

Genf püspöke Ferencet akarta segédpüspökévé tenni, ezért 1598. november 12-én elküldte őt Rómába, hogy megszerezze a pápa hozzájárulását. VIII. Kelemen pápa, aki már hallott Ferencről Médici legátustól, három teológus jelenlétében tüzetes vizsgálat alá vetette. Ferenc ragyogón megfelelt a vizsgán, és a pápa Genf segédpüspökévé nevezte ki. Hazatérése után közel két esztendeig a püspökség újjászervezésén dolgozott. Azon munkálkodott, hogy betelepítse a jezsuitákat és a Néri Szent Fülöp által alapítottOratórium kongregációját, amelyet Rómában ismert meg. Művelődési központot is alapított Alberge néven, ahol művészek és tudósok tanítottak. IV. Henrik francia király 1600-ban Annecy-be látogatott, és támogatásáról biztosította Ferencet. 1602-ben a püspök elküldte őt a királyhoz Párizsba azzal a kéréssel, hogy IV. Henrik segítse visszaszerezni a savoyai háború alatt elkobzott egyházi javakat. A királyi udvarban is prédikált, és hírneve egyre nőtt. A király arra kérte, hogy legyen Párizs püspöke, de Ferenc nem vállalta el. Párizsi tartózkodása alatt találkozott Acarie asszonnyal (a későbbi Megtestesülésről nevezett Boldog Mária kármelita nővérrel^[1]), akinek segített a Sarutlan Kármelita Rend francia földre történő betelepítésében. Azután visszatért Savoyába, ahol az a hír várta, hogy a püspök meghalt. Ferencet 1602. december 8-án szentelték fel Genf püspökévé.

A katekizmusra támaszkodva fáradhatatlanul azon munkálkodott, hogy a hívők megismerjék, és meg is értsék a katolikus hit lényegét. 1604 márciusában, nagyböjt idején Dijonban tartott prédikációkat. Itt találkozott többek között Chantal Johanna Franciskával^[2], aki már megjelent neki egy látomásban. Két évig tartó levelezésbe kezdett unokahúgával, Charmoisy asszonnyal. Leveleiben imára és keresztényi szeretetre buzdított. Unokahúga felolvasta leveleit ismerőseinek, és egy jezsuita szerzetes azt ajánlotta, hogy jelentessék meg nyomtatásban is. Ferenc beleegyezett. 1608–ban kisebb javításokat végzett a szövegekben, és Bevezetés a lelkiéletbe vagy Filótea címmel adták ki. Óriási sikere lett, Ferenc életében negyvenszer adták ki. IV. Henrik is olvasta, felesége gyémántokkal diszített kötésű példányt ajándékozott az angol királynak. Ferenc már 1608-ban foglalkozott a Vizitációs nővérek rendjének alapításával. Ezt a nevet azért választotta, mert a szegényeket látogató nővérek Máriát utánozzák, aki látogatást tett Erzsébetnél. A nővérek feladata a szemlélődés, a szegények segítése és a háztartási munkákban való részvétel. Ferenc gyakran mondta: „Égre szegezett tekintettel kell végezni a földi dolgokat .. Amit szeretettel csinálunk, az maga is szeretet...” 1615-ben született Értekezés az istenszeretetről vagy Temotius című írása, amelynek egy része a vizitációs nővéreknek szólt. Korának olyan nagy személyiségei tisztelték őt, mint IV. Henrik, XIII. Lajos, VIII. Kelemen pápa, Richelieu bíboros. Sírja Annecy-ben van, a Basilique de la Visitation-ban. Bosco Szent János az ő emlékére alapította 1854-ben a Szalézi rendet.