Margit az augsburgi püspökség Donauwörth nevű helységében az Ebnerek jómódú és tekintélyes nemzetségéből született. A szülői házban nőtt fel, és tizennégy vagy tizenöt éves korában belépett a szülővárosától nyugatra fekvő Medingen domonkos kolostorába.

Korábbi vallási életéről egyszer bevallotta, hogy Isten mindig megtartotta atyai hűségében és oltalmában. 1312. február 6-án súlyosan megbetegedett; három éven át ágyhoz kötötték szívbántalmai és bénulásai. Eleinte nem tudott mit kezdeni betegségével. Földi orvosságok nem hoztak számára gyógyulást, lelki vigasztalásai hiányoztak; nővértársai pedig mindinkább visszahúzódtak tőle; egy számára különösen kedves ,,boldog nő'' azonban beszélt neki az Istenért elviselt szenvedés értékéről és az imádság áldásáról. Ekkor felismerte Margit, hogy egyedül Isten az igazi hűség. Ettől kezdve eltűnt a szenvedésével szemben érzett ellenszenve, sőt már azt sem kívánta, hogy egészséges legyen, hanem teljesen át akarta magát adni Isten akaratának. 1326-ig gyakran szenvedett, de idővel javult az egészségi állapota.

Amikor 1324--25-ben a kolostor közösségének háborús veszély miatt ideiglenesen szét kellett szóródnia, Margit egy nővértársa kíséretében a szülői házába ment, s ott ugyanolyan visszavonultan élt, mint azelőtt a kolostorban. Örömmel tért vissza Medingenbe ,,azzal a szilárd elhatározással, hogy a jövőben valóban Isten akarata szerint él, és egyedül csak Őt keresi. A következő évtizedben az addiginál biztosabban járta Istenhez vivő útját.''

1332. október 29-én Nördlingeni Henrik (+1379 után) világi pap meglátogatta a kolostort; ,,Margit kilépett magányosságából, hogy hallja Isten igaz barátjának hangját, ő pedig felismerte, hogy Isten nagyot akar tenni Margit lelkével. Henrik jóságos, lélekkel telített szava olyan volt számára, mint a tél hosszú dermedtsége utáni tavaszi eső.'' Tizenkilenc éven át maradt Margittal lelki kapcsolatban. Henrik még nyolcszor járt Medingenben, s amit szóban nem tudtak elrendezni, levélváltással folytatták. Ebből a német nyelven fennmaradt első levelezésből megmaradt Margitnak egy Henrikhez szóló levele és Henriknek Margithoz intézett ötvenhat levele. A Nördlingeni Henrikkel való első találkozástól kezdve Margit ,,Isten barátai'' közé tartozott. Már régebben is hallott róluk, de visszavonultságában nem kereste, hogy csatlakozzék hozzájuk. ,,Isten barátai''-nak, akik közé világiak, papok és szerzetesek tartoztak, a keresztény élet volt a céljuk abban a vigasztalan időben, amikor a pápák Rómából Avignonba települtek át. Margit Henrik révén került velük közeli kapcsolatba.

1335. február 28-án Margit rendkívüli kegyelmekben, misztikus élményekben részesült. Miközben a nővérek kórusának oltára előtt térdelt, nagy szeretet ébredt benne Jézus neve iránt. Olyan lenyűgöző módon tapasztalta meg Isten szeretetét, hogy úgy érezte: elvesztette a szívét. Betegsége miatt semmiféle nehezebb vallási gyakorlatot nem vállalhatott magára. Lemondott mégis némely ételről, így a húsról, halról, gyümölcsről és borról, s kemény fekhelyen aludt. Panasz nélkül, sőt vidáman, hálásan és mindig szeretetre méltón viselte el szenvedéseit. Minden földi dolog elhalványult számára Isten valósága előtt, és áthatotta csodás ereje. A későbbi években is meglátogatták testi szenvedések, de mindent elviselt abban a tudatban, hogy valamennyi kínja ahhoz teszi hasonlóvá, akit mindenekfölött szeret: a keresztre feszített Úrhoz.

1344-ben Nördlingeni Henrik arra kérte Margitot, hogy rendezze és foglalja össze lelki élményeit, amelyeket 1312 óta naplószerűen feljegyzett, vagy Henrikhez intézett leveleiben rögzített. Margit 1344 decemberében és 1345 januárjában teljesítette a megbízatást.

Henrik megdicsérte ugyan a munkát, de még pótlását és a naplók további vezetését kívánta. Így jött létre a feljegyzések második része, amely kiegészítéseket tartalmaz, és újakat is 1345-től 1348-ig terjedően. Első megfogalmazásának nyoma veszett. Egy 1353-ból való másolaton kívül, amelyet a medingeni kolostorban őriznek, és amely az 1882. évi kritikai kiadás alapjául szolgált, vannak még különféle másolatai és kivonatai, valamint két latin fordítása. A Napló józan, csaknem egyhangú nyelvezetű, de a feltétlen igazság bélyegét viseli magán. Ezekkel a szavakkal fejeződik be: ,,Semmit sem kívánok azon kívül, amit Jézussal és Jézusból és Jézusban kapok.'' Ebből a beállítódásból magyarázható Margit bensőséges szeretete a gyermek Jézus, a kereszten, a szentségben, az oltáron lévő Üdvözítő, az Úr neve, sebei, Szíve és drága Vére tiszteletére végzett ájtatosság iránt.

Margit utolsó hónapjairól nem tudunk semmi közelebbit. 1351. június 20-án halt meg Maria-Medingenben. Halála után is tartott az a tisztelet, amely már élete folyamán is megnyilvánult iránta a kolostoron belül és kívül egyaránt. Margitot nem közönséges sírboltba temették el, hanem a káptalanterem közepén. A sírjához fűződő alapítványok és fogadalmi táblák tanúsítják évszázadok óta tartó tiszteletét, melyet a Szentszék 1979. február 24-én megerősített.